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赤土汚染とは、陸域の赤土が川や海に流出し、水環境へ悪影響を与えること。

＜赤土汚染の原因＞
赤土汚染の原因は、降雨などの自然的要因に、農地開発や土地改良事業などによって裸地状態にするなどの人的要因が加わって起きる。当初、国頭マージとよばれる赤土が分布する沖縄島中北部で被害が多く、流出水が赤色であることから「赤土汚染」と呼ばれた。沖縄県の島々では、流出した赤土がサンゴに降り積もってサンゴ礁を死滅させたり、海の生態系を破壊したりして、周辺の漁業に甚大な影響を与えている。沖縄県では、赤土流出問題に対処するため、1995年に「沖縄県赤土等流出防止条例」を施行した。この条例の特徴は、開発事業者の責任を明確にし、また、耕作地の管理者等に対し赤土の流出防止の努力義務を課していることである。特に、千平方メートル以上の事業を行う者を「特定事業行為者」として、各種の義務を課している。この条例の施行により、開発現場からの流出量は減少したと言われている。一方で、農地への対策が不十分、濁水に対する基準が甘いなどと指摘する声もある。